Domsure doit son origine à son prieuré.

La paroisse de Domsure qui comprenait la Richardière, Leschaux, le Pin, Charengeat et les deux Viallières fut fondée vers 1250, sous le règne de Saint Louis, Roi de France, grâce à l’initiative des seigneurs de Saint Amour, Saint Trivier et de Coligny qui s’adressèrent à l’abbaye de Gigny (jura) et obtint l’établissement d’un prieuré.

Depuis plusieurs siècles, ils étaient réunis pour le service religieux aux paroisses voisines plus anciennes et plus importantes, mais la distance des lieux, le mauvais état des chemins et l’augmentation de la population firent reconnaître la nécessité de les réunir en une seule paroisse.

Les religieux de Gigny firent preuve de goût dans la position du prieuré. Ils placèrent celui-ci sur un petit coteau, mais sur celui de Domsure (emplacement nord de l’église actuelle), de préférence à celui de Charengeat, pourtant plus au centre.

Le prieuré de Dompsure était rural, et la modicité des revenus ne permettaient d’entretenir que trois moines religieux, dont le chef portait le nom de prieur.
Plus tard, on joignit aux religieux du prieuré un prêtre chargé de la direction de la paroisse de 1250 à 1300. Il portait le nom de Chapelain.
En 1536, la Bresse, conquise par François 1er, fut réunie à la France durant 24 ans où elle fut rendue aux princes de Savoie en 1559.

Cette première domination des Français produisit à Domsure deux faits importants :
- les actes publics écrits jusqu’alors en latin durent être écrits en français,
- une douane fut établie, et la limite était maintenue à la limite de la Franche-Comté. Ce bureau occasionna dans la paroisse jusqu’à la Révolution une succession de faits divers.

Dès 1569, des notaires existèrent dans la paroisse.

Le hameau de Villeneuve était une seigneurie qui faisait partie du prieuré, quoique dépendant de la paroisse du seigneur de Saint Amour.

En 1637, Saint Amour fut pratiquement détruit par les suédois. Les habitants de Villeneuve avaient attaqué l’ennemi, et par représailles, les suédois se répandirent dans Villeneuve, brûlèrent les maisons appartenant aux Comtois, détruisirent le pont en pierre sur le Solnan vis-à-vis du « Biolay ».

Vers 1782, on détacha de la paroisse de Domsure le Pin, La Viallière Basse, la Viallière Haute, et la plus grande partie de Charengeat moins deux domaines pour les réunir à celle de Beaupont.